Українсько-естонське співробітництво в галузі освіти і науки включає в себе низку обопільно вигідних проєктів.

У рамках Меморандуму про співробітництво між Дипломатичною академією України при МЗС України та Естонською школою дипломатії (ЕШД) щороку реалізується програма десятимісячного навчання українських студентів в Естонській школі дипломатії на основі шведсько-естонського проєкту. За ініціативи Посольства України, Естонська школа дипломатії спільно з МЗС ЕР розробили довгострокову Програму підготовки українських фахівців з питань ЄС.

Найбільше студентів з України навчаються у таких вищих навчальних закладах Естонії: у Тартуському університеті; у Талліннському технічному університеті; у Євроакадемії; у Талліннському університеті та

в інших вищих навчальних закладах (Естонська бізнес школа, Естонська Академія мистецтв, Університеті природничих наук).

Відбувається діалог у галузі впровадження інклюзивної освіти, з питань розробки цільових програм навчання для дітей з особливими освітніми потребами відповідно до різних нозологій.

Важливу роль відіграє естонський освітній фонд “INNOVE”, який надає допомогу регіонам України (Хмельницька, Київська, Чернівецька області, Дніпро, Донецька та Луганська області) у розбудові професійно-технічної освіти в Україні.

Найбільш цікавим для України є досвід Естонії в організації професійно-технічної освіти, інклюзивної освіти, розвитку ІТ-технологій та е-врядування.

Українські науковці працюють у низці ВНЗ Естонії, зокрема в Талліннському технічному університеті та Тартуському університеті, де беруть участь у розробці наукових продуктів, наприклад, у сфері цифрових технологій.

У рамках рішення Естонії щодо надання допомоги Житомирській області у відновленні, Уряд Естонської Республіки реалізує проєкти з підвищення рівня кваліфікації педагогічних працівників Житомирської області